Как-то я ни понимаю, где хранится скрипт обзвона - поменял вручную файл template.js, в программе в окне скрипта ничего не поменялось.
Поменял, наоборот, из программы - в файле на диске никаких изменений.
Кстати, я обратил внимание, что у нас все работает на XP с древним IE 6.0. У hta есть какие-нибудь требования к Internet Explorer?